Η ΧΕΝ ΘΕΣΣΑΛΟΝΙΚΗΣ έχει τη μορφή Σωματείου, και αποτελεί το διοικητικό και συντονιστικό όργανο τεσσάρων τοπικών κέντρων στην πόλη, τα οποία και εκπροσωπεί νομικά. Τα τέσσερα κέντρα ΧΕΝ στη Θεσσαλονίκη είναι:

• Στην Καλαμαριά
• Στο Κέντρο
• Στο Πανόραμα
• Στη Χαριλάου

Κάθε τοπικό κέντρο ΧΕΝ, του οποίου η λειτουργία ρυθμίζεται από εσωτερικό κανονισμό, απευθύνεται κατά κύριο λόγο στην τοπική του κοινότητα και διοικείται από άτυπη διοικούσα επιτροπή εθελοντριών-στελεχών, εκλεγμένη από την ολομέλεια του κέντρου, η οποία μεριμνά:

• Για την προώθηση της φιλοσοφίας και την επίτευξη των στόχων της οργάνωσης.
• Για την ανάπτυξη και προβολή κατάλληλων, ελκυστικών προγραμμάτων και δράσεων.
• Για την εύρυθμη λειτουργία και διαχείριση πρακτικών θεμάτων του κέντρου.
• Για την απρόσκοπτη συνεργασία με το Σωματείο ΧΕΝ στο οποίο και ανήκει.

Τα μέλη ενός τοπικού κέντρου μπορούν να είναι απλά (εξυπηρετούμενα) μέλη μετέχοντας μόνο σε κάποια προγράμματα της επιλογής τους, ή να εκδηλώσουν εντονότερο ενδιαφέρον για την οργάνωση και πρόθεση να αναλάβουν πιο ενεργό ρόλο (στελέχη), οπότε και εγγράφονται ως τακτικά μέλη, μετέχοντα στην Ετήσια Γενική Συνέλευση του Σωματείου με το δικαίωμα του Εκλέγειν και Εκλέγεσθαι.